中國鐵路南昌局集團有限公司所轄下屬單位69個，其中運輸站段47個、其他單位6個、一級非運輸企業11個、集團公司管理的建設項目管理機構5個。管轄車站494個，其中特等站2個、一等站17個。中國鐵路南昌局集團有限公司機關經營管理機構54個，其中職能機構25個，生產機構4個，附屬機構24個，派出機構1個。

中國鐵路南昌局集團有限公司管內有國鐵集團重點監管的控股合資鐵路公司2個，分別為昌九城際鐵路股份有限公司（管理昌九、滬昆、衡茶吉3個合資公司）和東南沿海鐵路福建有限責任公司（管理東南、京福閩贛、向莆3個合資公司）。

1.運輸站段47個

直屬站5個：南昌車站、福州車站、廈門車站、鷹潭車站、向塘西車站。

車務段10個：南昌車務段、九江車務段、上饒車務段、宜春車務段、贛州車務段、福州車務段、南平車務段、永安車務段、龍巖車務段、漳州車務段。

客運段2個：南昌客運段、福州客運段。

機務段4個：南昌機務段、向塘機務段、鷹潭機務段、福州機務段。

供電段4個：南昌供電段、鷹潭供電段、福州供電段、廈門供電段。

工務（橋工、機械）段12個：南昌工務段、南昌高鐵基礎設施段、九江橋工段、鷹潭工務段、贛州工務段、萍鄉工務段、福州工務段、廈門工務段、永安工務段、龍巖工務段、南平工務段、鷹潭工務機械段。

電務段2個：南昌電務段、福州電務段。

通信段1個：南昌通信段。

車輛段5個：南昌車輛段、南昌南車輛段、福州車輛段、福州東車輛段、福州動車段。

房建生活段2個：南昌房建生活段、福州房建生活段。

2.其他單位6個

科學技術研究所、南昌疾病預防控制所（南昌衛生監督所）、黨校、福州職工培訓所、新余職工培訓所、融媒體中心。

3.一級非運輸企業11個

江西京九物流有限公司、福建匯豐物流有限公司、福建鐵路實業發展有限公司、南昌鐵路科技信息有限公司、南昌鐵路天河建設有限公司、南昌鐵路通達工貿有限公司、江西南鐵廣告傳媒有限公司、南昌鐵路天集房地產開發有限公司、江西贛榕地方鐵路開發有限公司、江西南鐵商務旅行服務有限公司、南昌華路建設咨詢監理有限公司。

4.集團公司管理的建設項目管理機構5個

福建鐵路建設指揮部、瑞梅鐵路工程建設指揮部、廈門國際物流港有限責任公司、南昌鐵路建設指揮部、廈門樞紐改造工程建設指揮部。